В соответствии с подпунктом 1 пункта 3 статьи 346.12 Налогового кодекса Российской Федерации в редакции, действовавшей до 01.01.2016г., не вправе применять упрощенную систему налогообложения организации, имеющие филиалы и (или) представительства.
Федеральным законом от 6 апреля 2015 г. N 84-ФЗ "О внесении изменений в часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации" в подпункт 1 пункта 3 статьи 346.12 Кодекса были внесены изменения, в соответствии с которыми с 1 января 2016 года не вправе применять упрощенную систему налогообложения организации, имеющие филиалы.
Статьей 55 Гражданского кодекса Российской Федерации предусмотрено, что представительством является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения, которое представляет интересы юридического лица и осуществляет их защиту. Филиалом является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения и осуществляющее все его функции или их часть, в том числе функции представительства. Представительства и филиалы не являются юридическими лицами. Они наделяются имуществом создавшим их юридическим лицом и действуют на основании утвержденных им положений.
Таким образом, организация, применяющая упрощенную систему налогообложения, при создании представительств после 1 января 2016 года, наделенных указанными полномочиями, независимо от их места нахождения, вправе продолжать применение упрощенной системы налогообложения при соблюдении всех условий, предусмотренных главой 26.2 Кодекса.
Основание: письмо Минфина России от 5 июня 2018 г. N 03-11-06/2/38208